Mēģināja instalēt gromacs 5.1.1, izmantojot homebrew, visas komandas nav atrastas

1. Kā instalēt jaunāko Gromacs versiju?
2. Kā es varu lejupielādēt un instalēt Gromacs?
3. Kā instalēt Gromacs operētājsistēmā Windows 10?
4. Kā es varu palaist Gromacs Linux?
5. Kāda ir jaunākā Gromacs versija?
6. Kā pārbaudīt Gromacs versiju?
7. Kā instalēt Gromacs?
8. Kā es varu lejupielādēt un instalēt Cmake?
9. Kā instalēt Gromacs ar GPU atbalstu?
10. Kā es varu lejupielādēt Gromacs Linux?
11. Kā jūs izmantojat Gromacs?
12. Kā atinstalēt Gromacs Linux?

Kā instalēt jaunāko Gromacs versiju?

Varat arī lejupielādēt un izpakot GROMACS regresijas testa komplektu https: // ftp.gromacs.org / regresijas testi / regresijas testi-2021.2.darva.gz tarball pats un izmantojiet uzlaboto cmake opciju REGRESSIONTEST_PATH, lai norādītu izsaiņotā tarball ceļu, kas pēc tam tiks izmantots testēšanai.

Kā es varu lejupielādēt un instalēt Gromacs?

Varat arī lejupielādēt un izpakot GROMACS regresijas testa komplektu http: // gerrit.gromacs.org / download / regresijas testi-2020.darva.gz tarball pats un izmantojiet uzlaboto cmake opciju REGRESSIONTEST_PATH, lai norādītu izsaiņotā tarball ceļu, kas pēc tam tiks izmantots testēšanai.

Kā instalēt Gromacs operētājsistēmā Windows 10?

Procedūra

1. Lejupielādējiet GROMACS pirmkodu un kaut kur izpakojiet.
2. Palaidiet CMake GUI.
3. Iestatiet avota koda direktoriju sadaļā "Kur ir avota kods" ...
4. Iestatiet citu vietu, lai izveidoto GROMACS ievietotu sadaļā "Kur veidot bināros failus" ...
5. Noklikšķiniet uz Konfigurēt. ...
6. Konfigurēšana tiks pārtraukta, jo tā nevar atrast FFTW.

Kā es varu palaist Gromacs Linux?

Palaist ievades failu (.

Nākamais solis ir apvienot molekulāro struktūru (gro fails), topoloģiju (augšējais fails) MD parametrus (mdp fails) un (pēc izvēles) indeksa failu (ndx), lai ģenerētu palaistu ievades failu (tpr paplašinājums). Šis fails satur visu nepieciešamo informāciju, lai sāktu simulāciju ar GROMACS.

Kāda ir jaunākā Gromacs versija?

GROMACS

Kā pārbaudīt Gromacs versiju?

Vienkārši ievadiet "pdb2gmx" terminālā, lai uzzinātu visu nepieciešamo informāciju.

Kā instalēt Gromacs?

Varat arī lejupielādēt un izpakot GROMACS regresijas testa komplektu http: // gerrit.gromacs.org / download / regresijas testi-5.1.4.darva.gz tarball pats un izmantojiet uzlaboto cmake opciju REGRESSIONTEST_PATH, lai norādītu izsaiņotā tarball ceļu, kas pēc tam tiks izmantots testēšanai.

Kā es varu lejupielādēt un instalēt Cmake?

II - CMake instalēšana

Lejupielādējiet Windows (WIN32 instalēšanas programma). Jūs saņemsiet failu ar nosaukumu cmake-version-win32-x86.exe. Palaidiet to un sekojiet instalēšanas procesam. Noteikti atlasiet opciju Pievienot CMake sistēmas PATH.

Kā instalēt Gromacs ar GPU atbalstu?

Lejupielādē CUDA rīkkopu

Tagad šeit atlasiet jaunāko CUDA rīkkopas versiju atbilstoši savai sistēmai. Lejupielādējiet vietējo palaist failu, izmantojot šādu komandu. Palaistajā failā ir visi nepieciešamie komponenti, kas jāinstalē. Pārslēdzieties uz direktoriju, kurā vēlaties lejupielādēt instalēšanas programmu.

Kā es varu lejupielādēt Gromacs Linux?

1. Darba sākšana. Ja esat tikko instalējis Ubuntu, neaizmirstiet savā sistēmā atjaunināt krātuves informāciju un programmatūras pakotnes. ...
2. Uzstādīšana. Pirmais Gromacs instalēšanas solis ir cmake iegūšana. Terminālā ierakstiet: sudo apt-get install cmake. ...
3. Viegla metode. ...
4. Regulāra uzstādīšana.

Kā jūs izmantojat Gromacs?

GROMACS sākotnējās iestatīšanas rīks izmanto PBP ievadi, lai izveidotu trīs failus, kas būs nepieciešami MD simulācijai.
...
Uzstādīt

1. izveidot topoloģijas failu.
2. pārveidot PDB olbaltumvielu struktūru GRO failā, struktūru centrējot simulācijas lodziņā (šūnas vienība)
3. izveidot pozīcijas ierobežošanas failu.

Kā atinstalēt Gromacs Linux?

Lai atinstalētu šo pakotni, varat viegli izmantot komandu apt un noņemt pakotni no Linux operētājsistēmas. Tas noņems gromac un visas no tām atkarīgās pakotnes, kas sistēmā vairs nav vajadzīgas. Virs komandas tiks noņemti visi konfigurācijas faili un dati, kas saistīti ar paketi gromacs.